Зверобой часто используют в стоматологии – как отдельно, так и в составе комбинированных средств. Настой этой лекарственной травы назначают в виде полосканий при воспалениях десен и слизистых полости рта – во время лечения гингивита, стоматита и пр. Помимо дубильных веществ настой зверобоя содержит и другие ценные элементы: эфирное масло, витамины С и Е, флавоноиды - все это способствует восстановлению мягких тканей. Внутрь настой зверобоя принимают при колите – его вяжущие и противовоспалительные свойства помогают в лечении слизистых оболочек стенок кишечника.
Трава зверобоя улучшает аппетит, стимулирует выделительную деятельность различных желез, повышает регенеративную способность тканей, увеличивает отток желчи, возбуждает желудочную секрецию, оказывает вяжущее и кровоостанавливающее действие; обладает сильным спазмолитическим действием на гладкие мышцы желчных протоков, кишечника, кровеносных сосудов и мочеточников; улучшает венозное кровообращение и кровоснабжение внутренних органов; оказывает фотосенсибилизирующее действие при приеме спиртовых настоек или экстрактов и сока; проявляет выраженное противовоспалительное, обезболивающее, антимикробное, ранозаживляющее действие. Успокаивающе действует на нервную систему, может несколько повышать артериальное давление.
На Руси его считали травой от 99 болезней.
Широко распространено в народе использование зверобойного масла. Для его приготовления банка заполняется цветущей травой зверобоя, заливается нерафинированным растительным маслом так, чтобы над уровнем травы масло выступало на 3–4см (иначе трава может заплесневеть) и выставляется на солнечный подоконник на 21 день. Затем процеживается. Хранить лучше в холодильнике. Это прекрасное ранозаживляющее, противовоспалительное средство при любых ранах, язвах, ожогах и нагноениях, внутрь принимается при гастритах и язвенной болезни, колитах. Очень эффективно втирать его в переднюю брюшную стенку при любых воспалительных процессах желудочно-кишечного тракта, лимфаденитах, при кишечных коликах у грудничков.
В старинной иностранной литературе это растение часто называют травой святого Иоана (так как зацветает оно в Иванов день) или Ивановой кровью (при растирании семян и цветков на пальцах остается красный сок, напоминающий кровь).
Казахи называют зверобой продырявленный «джерамбай» — целитель ран.
Цветки в период бутонизации используют для окрашивания шерстяных тканей. Из них получают желтую краску, а в смеси с железными квасцами — черную. Кислые растворы окрашивают ткани в красный цвет.